Kratzen fördert die Durchblutung, was den Heilungsprozess beschleunigt. Evolutionsgeschichtlich macht es also Sinn, uns für das Kratzen zu belohnen. Besonders wenn jemand anderes kratzt und nicht man selbst, ist das Lustgefühl groß. Denn das erzeugt Bindung und Zusammenhalt. Aber deine Frage war: warum macht es trotzdem (noch) Spaß, wenn es eigentlich eindeutig schädlich ist wie bei Neurodermitis und man sich dabei selbst verletzt.
Genauso könntest du fragen: warum macht es Spaß, Zucker zu essen, wenn er doch ungesund ist, oder: warum bringt es Lust/Erleichterung zu rauchen, zu trinken, Drogen zu nehmen? Warum macht es Spaß, Dinge zu tun, die uns schädigen? Und warum machen manche Dinge, die gut für uns sind, keinen Spaß?
Ich glaube, das ist das Erbe unserer Entwicklung, der Evolution. Wenn man weiter fragt, könnte man auch fragen: warum empfinden wir überhaupt Lust/Unlust? Da ist man dann schnell beim Sinn des Lebens. Und diese Frage ist schwierig zu beantworten, nichtsdestotrotz hat ein großer Dichter und Denker unserer Zeit es bereits getan:
Des Lebens Art und Sinn ist Fühlen
Ursache und Zweck zugleich
Versuche nicht zu unterkühlen
Emotionen machen reich.
Wenn man immer nur Lust empfinden würde, wenn man auf dem "richtigen" Weg ist und immer nur Unlust, wenn man etwas "Falsches" tut, dann wäre das Leben ganz schön langweilig...